לקהילת המורים בכל בית חינוך יש אוטונומיה לעצב מחדש את כל מרכיבי בית הספר שלה, בהלימה לערכי הרשת. בכל בית חינוך מתבססת רשת של קהילות לומדות, ובהן עוסקים המורים בשלל נושאים על פי בחירתם – הגדרה מחודשת של תחומי הדעת הנלמדים, בחינת הרלוונטיות וההתאמה של דרכי הלמידה ושל אופני ההערכה למציאות העכשווית, בירור וגיבוש זהות קהילתית כציר מרכזי לעיצוב כל הממדים הארגוניים של בית החינוך ועוד.
השיח הדיאלוגי והשיתוף ההדדי בקבוצת הלמידה הקטנה מהווים ציר מרכזי בפעילותן של הקהילות החינוכיות הלומדות. המורים שותפים לתהליכי התפתחות אישיים וקבוצתיים, בקבוצות למידה שנפגשות בסדירות קבועה במהלך השנה כחלק מהשגרה הבית-ספרית.
אמי"ת בחרה בעקרון הפעולה של ייחודיות הקהילה החינוכית הלומדת כמרכיב מרכזי בהבניית תהליך השינוי שהרשת מובילה. היעד שהצבנו לעצמנו הוא שעד שנת 2020 (שנה"ל תשפ"א) כל בתי החינוך של הרשת יהיו בתהליכי עומק מתקדמים לקראת הפיכתם לקהילות חינוכיות לומדות, ויעברו שינוי משמעותי בכל ששת מרכיבי בית הספר, תוך דגש על שינוי בפועל של המעשה החינוכי והפדגוגי, שינוי שתהיה לו נראות בולטת בסדר יומם של תלמידים ומורים.